1925年7月，国民政府和广东省政府相继在广州成立。9月，陈炯明勾结北洋军阀和广东南路八属联军司令、琼崖善后处长邓本殷，企图夺取广州，控制广东。国民政府决定举行第二次东征和南讨。11月，东征军彻底打垮陈炯明部。与此同时，国民政府组织南讨，会攻广东南路。12月底，邓本殷率部退缩琼崖，南路遂告平定。国民政府以李济深为总指挥、陈铭枢为前线总指挥，调遣第四军第十二师等加强南路，进军琼崖。

1926年1月16日，第四军十一师和十二师之黄琪翔团及云瀛桥独立团、王鸿铙新编第九旅，自雷州半岛分三路渡海攻琼。黄琪翔团、云瀛桥团向文昌铺前，王鸿铙旅向儋县，陈济棠所部向澄迈、临高间，同时渡海。国民革命军登陆后，得到琼崖广大工农群众的积极支援和配合，为军队筹粮筹款、带路，迅速向邓军发动攻击。邓本殷部顷刻瓦解，邓本殷只身登上司马懿号轮船逃亡。20日，国民革命军进占府城、海口，并进攻澄迈、定安等地邓军残部，将其缴械收编。月底，琼崖宣告平定。国民革命军南讨的胜利，结束了邓本殷在琼崖的军阀统治，使国民政府完全统一了广东全省，发展了琼崖革命的大好形势；同时，也为国民革命军进行北伐创造了有利条件。

2月5日，琼崖各界人士在海口召开大会，提出废除苛捐杂税，铲除奸商，禁绝烟赌，肃清土匪，铲除土豪劣绅，严办邓贼走狗，严办贪官污吏，清查逆产等八项要求，请求政府施行。同日，琼崖临时行政委员会成立，由国民革命军第四军政治部主任张善铭（共产党员）任主席。同时，中国国民党琼崖特别委员会（以下简称国民党琼崖特委）在海口成立，直隶国民党中央党部。国民党琼崖特委开始由第四军党代表罗汉任主任委员，执行委员有吴国鼎、陈三华（女）、王文明等7人。不久，国民党中央派张难先到琼任国民党琼崖特委主任委员兼琼崖行政委员。张难先为国民党左派，与共产党人真诚合作，他任职期间，任用一批进步人士当县长，顺应人民群众要求，废除苛捐杂税，减轻人民负担，兴办文教事业，取缔烟馆赌馆，反对土豪劣绅，清剿土匪，整顿金融，惩办贪官污吏，支持工农群众运动，使琼崖呈现一片革命景象。

接着，国民党广东省党部和琼崖特委指派海口市和各县党部筹备人员，经过积极筹备，除感恩县外，海口市和12个县相继成立县党部。在成立国民党琼崖特委、海口市和各县党部过程中，许多共产党员按照党的第三次全国代表大会关于“共产党员以个人资格加入国民党”，“同时保持共产党在组织上、政治上的独立”的决定，参加国民党各级党部工作，并担任主要领导职务。各市、县党部成立后又派出筹备人员到各区筹建区分部。区分部的领导人，大部分也是由共产党员和左派人士担任。

国民党琼崖特委和各市县党部、各区分部的建立，标志着革命统一战线的形成，为琼崖大革命高潮的到来，奠定了良好的基础。